Один из них касается восстановления НДС после передачи имущества ФГУП «РАДОН», второй — налога на имущество по объектам комплекса «Щучье» в Курганской области.

Жалобу ФГУП «Федеральный экологический оператор» на решение по первому спору рассмотрит Семнадцатый арбитражный апелляционный суд. Претензии к предприятию предъявила Межрайонная инспекция ФНС по крупнейшим налогоплательщикам №10 в Екатеринбурге.

По итогам проверки налоговики пришли к выводу, что ФЭО должен восстановить 13,5 млн рублей НДС за второй квартал 2022 года и еще 17,95 млн рублей за третий квартал того же года.

Спор возник из-за имущества, переданного ФГУП «РАДОН». В рамках проекта по консолидации объектов ядерного наследия «Росатом» решил передать этой организации часть деятельности ФЭО, связанной с обращением с радиоактивными отходами, выводом из эксплуатации ядерно и радиационно опасных объектов и ликвидацией ядерного наследия. Вместе с функциями «РАДОН» получил и часть имущественного комплекса.

В ФЭО настаивали, что перераспределение активов между государственными унитарными предприятиями не привело к смене собственника или переходу права собственности. По позиции предприятия, госкорпорация лишь перераспорядилась принадлежащим государству имуществом, поэтому оснований для восстановления НДС не возникло.

ФНС сочла иначе, указав, что переданные объекты перестали использоваться в деятельности ФЭО. После нескольких этапов разбирательства суд первой инстанции летом 2026 года поддержал налоговый орган. Теперь предприятие пытается оспорить это решение в апелляции.

Параллельно ФЭО ведет другой крупный спор — с УФНС по Курганской области. В конце сентября кассационная инстанция подтвердила выводы нижестоящих судов по делу, связанному с налогом на имущество организаций. Размер предъявленных предприятию требований составляет почти 200 млн рублей.

Речь идет о 13 объектах недвижимости, которые были переданы ФЭО распоряжением Росимущества от ФБУ «Федеральное управление безопасного хранения и уничтожения химического оружия». Они входят в производственно-технический комплекс по обработке, утилизации и обезвреживанию отходов I и II классов опасности «Щучье».

На базе бывшего объекта по уничтожению химического оружия в Курганской области ФЭО в рамках нацпроекта «Экология» занимается созданием экотехнопарка. Представители предприятия утверждали, что в проверяемый период объекты находились на реконструкции и фактически не эксплуатировались.

В компании указывали, что комплекс еще не был введен в эксплуатацию, а спорная недвижимость не использовалась в обычной деятельности и не могла приносить экономическую выгоду. На этом основании ФЭО не относил объекты к основным средствам и не начислял по ним налог на имущество.

Налоговая служба и суды эту позицию не поддержали. Арбитраж указал, что обязанность по уплате налога не зависит от фактического использования недвижимости. Ключевым обстоятельством суд счел потенциальную способность имущества приносить доход в будущем.

В материалах дела, в частности, фигурировали письма ФЭО губернаторам Курганской и Челябинской областей, а также правительству Курганской области. В них предприятие предлагало информировать потенциальных инвесторов о расположенных на площадке производственных корпусах, которые можно было бы передавать в аренду. Отмечалось, что объекты обеспечены газом, водой, электроэнергией и теплоснабжением.

Суд пришел к выводу, что проведение ремонта, модернизации или реконструкции само по себе не означает отсутствия объекта налогообложения. В результате действия ФЭО, которое не исчисляло налог на спорную недвижимость в декларациях за 2021, 2022 и 2023 годы, были признаны необоснованными.

В ходе разбирательства предприятие также пыталось добиться обеспечительных мер, указывая, что бесспорное взыскание почти 200 млн рублей может причинить ему значительный ущерб. В ФЭО заявляли, что средства на счетах имеют целевое назначение и используются для исполнения государственных контрактов.

Компания предупреждала, что списание этой суммы способно осложнить исполнение обязательств перед контрагентами и привести к начислению штрафных санкций. В ФЭО также подчеркивали социальную значимость предприятия, которое обеспечивает сбор, транспортировку, обработку, утилизацию и обезвреживание отходов I и II классов опасности по всей России. Однако суд обеспечительные меры не предоставил.

Отраслевые эксперты не исключают, что ФЭО продолжит оспаривать решения по курганскому спору. «Правда УрФО» направила предприятию запрос с просьбой прокомментировать налоговые разбирательства и возможные финансовые последствия.