По данным ведомства, из 137,6 млрд рублей, выделенных на строительство и реконструкцию объектов питьевого водоснабжения, более 38 млрд рублей (27,8%) были израсходованы без достижения запланированного результата.
К моменту завершения проекта 31 декабря 2024 года 119 объектов в 56 регионах остались недостроенными. По состоянию на 22 декабря 2025 года работы всё ещё не были завершены на 85 объектах в 46 регионах.
Из 1,4 тыс. построенных объектов 747 относятся к площадным. Анализ данных по 364 таким объектам показал, что 29,7% из них используются с загрузкой менее 30% от проектной мощности.
Согласно отчёту Минстрой России, общий объём расходов на реализацию проекта в 2021–2024 годах составил 147,5 млрд рублей. При этом 86,2% средств было выделено из федерального бюджета. Уровень исполнения расходов достиг лишь 83,5% от запланированного показателя, что связано с недостаточным привлечением внебюджетных инвестиций.
С 2025 года модернизация систем водоснабжения продолжается в рамках федерального проекта «Модернизация коммунальной инфраструктуры». Однако аудиторы считают, что его показатели не обеспечивают преемственность с программой «Чистая вода».
В Счётной палате России рекомендовали правительству скорректировать правила предоставления субсидий регионам, дополнив их параметрами, отражающими фактическую ситуацию в сфере водоснабжения. Также предложено доработать целевые показатели нового проекта, включив долю населения с доступом к качественной воде и долю завершённых объектов, построенных с федеральным финансированием.
Кроме того, Минстрою России совместно с регионами рекомендовано разработать «дорожную карту» для завершения строительства всех объектов, которые остались недостроенными в рамках проекта «Чистая вода».
