Свердлов получил известность благодаря работам в области геномики, молекулярной биологии и исследования ДНК.
Он окончил химический факультет МГУ и много лет работал в Институте химии природных соединений Академии наук СССР.
С 1988 по 2006 год Свердлов возглавлял Институт молекулярной генетики РАН. Кроме того, он руководил Центром геномных исследований в НИЦ «Курчатовский институт».
Значительная часть его научной деятельности была связана с разработкой методов исследования генетического материала, анализом структуры и функций генов, развитием теоретических основ биотехнологии, а также созданием биотехнологических продуктов для медицины и сельского хозяйства.
Под руководством Свердлова разрабатывались ключевые технологии функциональной и сравнительной геномики.
В 2007–2012 годах он возглавлял межвузовский проект, посвященный созданию и внедрению в клиническую практику первых генно-терапевтических препаратов для лечения рака легкого и пищевода.
Евгений Свердлов был лауреатом Государственной премии СССР 1981 года, Ленинской премии 1984 года и Государственной премии России 2015 года.